Managed hosting door True

Opslag voor heelalverkenning

Jive loopt in op datastroom radiotelescopen met nieuw cluster

De verkenning van het heelal met radiotelescopen levert ontzagwekkende hoeveelheden data op die wetenschappers graag gedetailleerd geanalyseerd willen zien. De stichting Jive (Joint Institute for Vlbi in Europe) heeft hiervoor in Dwingeloo een Opteron-cluster met speciaal ontwikkelde opslag.

  
Deze oscilloscopen controleren of de tape-stations de signalen wel goed teruglezen. De radiotelescopen beginnen een project namelijk altijd met een piekmeting waarvan de intensiteit bekend is. Daardoor kan de sterkte van de verschillende signalen bij het afspelen op elkaar afgestemd worden.
Het Europese instituut, gevestigd in hetzelfde gebouw als het Astron (stichting voor astronomisch onderzoek in Nederland), heeft ook transatlantische banden met andere wetenschappelijke instanties. Jive verenigt onderzoekers op het gebied van grootschalige radiotelescopie. Vlbi (Very Long Baseline Interferometry) is namelijk een techniek waarbij meerdere radiotelescopen hetzelfde object waarnemen waarna de data wordt gecombineerd om het resultaat van een virtuele, reusachtige telescoop te simuleren.
Dit in tegenstelling tot een initiatief als het Lofar-project (Low Frequency Array, zie Computable 27 februari), dat juist vele kleine, simpele radiotelescopen combineert en zich richt op lage frequenties. Hierbij wordt ook interferometrie toegepast.
De data die Jive verwerkt, is dus afkomstig van diverse, wereldwijd verspreide observatoria. "Dat zijn gemiddeld twaalf tot twintig telescopen per waarneming, hoewel dat maximum niet in één keer is te doen. Het aantal is afhankelijk van de gewenste waarneming en de zichtbaarheid van de bron vanaf de verschillende plekken op Aarde waar de telescopen staan", legt
  
De tape-stations die de signalen van de verschillende radiotelescopen gesynchroniseerd afspelen en doorgeven aan de correlator. De tapes worden nu geleidelijk vervangen door harde schijven.
software ingenieur Harro Verkouter uit. Hij is bij Jive verantwoordelijk voor het nieuwe rekencluster met opslagsysteem dat de data moet opvangen en analyseren.

Virtuele telescoop

Alvorens de data geanalyseerd kan worden, moeten de verschillende metingen eerst gecorreleerd worden om tot één meting van de virtuele reusachtige telescoop te komen. "Dat correleren van de signalen doen we niet op het cluster. Daar hebben we de correlator voor." Die machine is een taakspecifiek apparaat dat bestaat uit speciaal ontworpen chips, die inmiddels ongeveer dertien jaar oud zijn, die IBM naar specificatie heeft geproduceerd. De correlator is vanaf 1992 ontworpen en gebouwd door een internationaal consortium, waar Jive deel van was. Het apparaat is sinds 1999 in gebruik in Dwingeloo.
Ondanks de relatieve leeftijd van de correlator-technologie is het juist de rest van de ict-infrastructuur die achterloopt. De datastroom vanaf de radiotelescopen wordt ter plaatse gedigitaliseerd en opgeslagen op tapes. Dat gebeurt met een snelheid van maximaal 1 Gigabit per seconde. De beperking daarbij zijn de filters die worden gebruikt voor de metingen door de radiotelescopen. "Het breedste filter is 512 MHz, de smalste is 62 KHz. Die 512 MHz levert dus 1024 miljoen samples per seconde op. Een typisch experiment duurt acht uur", vertelt Verkouter. De tapes bevatten één tot vier Terabyte aan data, de schijven ongeveer vier.
De tapes, en in toenemende mate harde schijven, worden vervolgens verscheept naar Jive. "We gaan nu wel over op harde schijven", zegt Verkouter die bij de tape-stations van de correlator twee rekken aanwijst waar de tape-drives uit zijn verwijderd om - ruim - plaats te bieden aan leesstations voor harde schijven.

  
Een wide-field beeld van het Hubble Deep Field met daar overheen een kaart met radiogolflengtes. Dit beeld is opgenomen met een zeer hoge resolutie, wat echter nog 'slechts' éénzestiende is van de maximum capaciteit van de radiotelescoopwaarneming (door de Hubble-ruimtetelescoop). Grotere beelden, dus met meer detail, zijn mogelijk indien analyses gemaakt worden op basis van datapakketten met een hogere dichtheid.
Op termijn gaat Jive wel over naar glasvezelverbindingen die rechtstreeks vanaf de telescopen komen. "In Europa ligt dat er al veel. Het voornaamste probleem is echter de last mile; veel telescopen bevinden zich op relatief onherbergzame lokaties", zegt Roelof Boesenkool, hoofd ict van het Astron. Eind april heeft Jive de eerste directe data-ontvangst gekregen, vanaf de observatoria: Westerbork (Nederland), Jodrell Bank Observatory (Engeland) en Onsala Space Observatory (Zweden). De data van die drie telescopen is via Internet direct in de correlator gevoerd. Dit eerste realtime Vlbi-experiment was meteen geslaagd.
De correlator kan zestien input-signalen tegelijk aan met elk een datadichtheid (van de metingen) van 1 Gigabit per seconde. Het combineert die signalen waarbij er 136 verschillende combinaties mogelijk zijn. "En die moeten we wel allemaal uitvoeren om één grote virtuele telescoop te simuleren, liefst ter grootte van de Aarde", legt Verkouter uit. "De correlator moet dus intern acht keer zoveel data verwerken om het - bij de telescopen gedigitaliseerde - golffront te simuleren", vult de software-ontwikkelaar aan. Daarnaast zijn er nog compensaties vanwege onder meer de verschillende atmosferische omstandigheden bij de diverse telescopen en de positie van de Melkweg ten opzichte van het geobserveerde object.

Datastroom

Dit alles levert een aanzienlijke datastroom op. Die wordt momenteel nog beperkt door de tijdsblokken die de correlator kan uitspuwen. Het minimum is 15 miliseconden aan gecombineerde metingen, maar dat is in de praktijk niet te behappen voor het datapad vanuit de correlator naar het opslagsysteem. Het cluster moet het probleem van deze flessenhals - bestaande uit twee delen: achtereenvolgend de doorvoersnelheid van het netwerk en die van de harde schijven - oplossen.

  
De netwerkswitches van het cluster met (van boven naar beneden): Fast Ethernet, Infiniband (10 Gigabit per seconde, bidirectioneel), Gigabit TX en Gigabit Ethernet.
"Die pakketten van 15 miliseconden worden samengevoegd in stukken van vier seconden, maar door die afronding krijg je dataverlies. Dat is data die je nooit meer terugkrijgt." Verkouter wijst op het simpele feit dat in die vier seconden de Aarde weer iets verder is gedraaid. "Het signaal 'vervaagt' hierdoor; het 'beeld' van de waarneming is aan de randen minder gedetailleerd." Het doel is de tijdsblokken van de integratie terug te dringen, liefst tot het minimum van de 15 miliseconden.
Een - letterlijk - tussenliggende factor is de uitleeshardware die de data uit de correlator put en doorgeeft aan het cluster. "Daar hebben we een realtime systeem van vier HP-machines voor, dat ook dient voor de configuratie van de correlator, met een netwerkverbinding van slechts 10 Megabit." Die machine wordt nu bijgestaan door een vierweg single board computer met Pentium III-processoren en 100 Megabit netwerkverbindingen. "De limiet is nu de harde schijfsnelheid en die ligt op 5 Megabyte per seconde voor het uitlezen van de correlator."
Het één keer helemaal uitlezen van dat apparaat levert 2,5 MB aan data op. Dat kan twee keer per seconde, of vier keer, of acht keer, tot aan vierenzestig keer, waarbij de 15 miliseconden wordt gehaald. De schijven kunnen fysiek maximaal 10 Megabyte per seconde aan, maar niet continu (sustained) en dus komt het uitlezen van de correlator uit op 5 MB per
  
De correlator die de verschillende telescoopsignalen combineert tot een signaal van een virtuele reusentelescoop is toegewijde hardware. De machine bestaat uit tweeëndertig borden met elk tweeëndertig speciaal gemaakte processoren. In totaal dus 1024 chips.
seconde. "Dat is dus een factor tweeëndertig verschil met het minimum (aan datadichtheid - red.) van 15 miliseconden."

Flexibel cluster

Verkouter vertelt dat de data per se continue (streaming) doorgegeven moet worden, anders hoopt de data op en loopt de doorgifte mis. "De data-uitvoer van de correlator ligt op 160 MB per seconde en vijfenveertig minuten per scan. Dan moeten we de tapes omdraaien. Dat levert in totaal een halve Terabyte aan uitvoerdata op per uur. Een standaard waarneming duurt acht uur." Die data komt terecht in het - hierachterliggende - nieuwe cluster, genaamd PCint (Post Correlator Integrator). "En de bewerking levert een kopie van de data op, dus dat is nog eens vier Terabyte." Verschillende bewerkingen genereren meerdere kopieën, met elk specifieke eigenschappen.
Dit systeem bestaat uit vier rekenservers met Opteron-processoren en zes machines met opslag. De rekenservers bestaan uit alleen twee processoren en geheugen, de opslagservers hebben elk twee RAID-controllers voor Serial ATA-schijven. "Dat levert een opslagsnelheid op van 160 MB per seconde per machine." Door die hoge, benodigde schijfsnelheid was een snelle onderlinge serververbinding nodig. Jive koos voor Infiniband. De netwerkverbinding is Gigabit Ethernet.
Het besturingssysteem is een aangepaste 64-bit uitvoering van

  
De resultaten van de correlator worden uitgelezen door speciale single board computers, met Pentium III-processoren. Elk van deze platte machines kan via een speciale insteekkaart vier correlatorborden uitlezen waarna de data via een andere insteekkaart over Gigabit Ethernet wordt doorgestuurd naar het rekencluster.
Linux (Debian). De hardware is mede-ontworpen en geleverd door pc-leverancier Ttec, de Nederlandse dochter van de directe Duitse producent Transtec. "Wij zijn echt een Ttec-bolwerk, al zeker tien jaar. We kunnen bij hun namelijk alles betrekken: van eenvoudige desktops tot grote rekenclusters en netwerkcomponenten", vertelt ict-hoofd Boesenkool. "Ttec heeft ook een goede expertise en grote dekking in de universitaire en wetenschappelijke wereld. Ze bijten zich ook echt vast in een probleem."

'Glasvezel te beperkt'

Verkouter overwoog aanvankelijk een san-opstelling (storage area network) met glasvezel en RAID. "Toen ik bij leveranciers daarnaar ging informeren, bleek dat duur én niet flexibel genoeg. We willen de data namelijk niet alleen opvangen, maar ook teruglezen om te bewerken." Hij schetst gewenste mogelijkheden om bijvoorbeeld stukken uit een hele waarneming te analyseren. De aanvankelijk bedachte opzet was dan ook twee groepen servers: één die de data uit de correlator haalt en opslaat, en één die de data leest en bewerkt. "Een standaard SAN-oplossing is daar toch te beperkt voor."

  
Het volledige cluster met links en rechts twee rekenservers en drie opslagmachines. In het midden staat de netwerkapparatuur.
Uit Duitsland overgevlogen experts van leverancier Ttec kwamen toen met een opzet voor een enkel cluster met interne opslag. "Het Jive-probleem is namelijk vergelijkbaar met andere wetenschappelijke projecten, zoals Puma (Pulsar Machine) en Lofar", vertelt Boesenkool.
Het cluster heeft intern drie functionele groepen: de servers (hosts), de tussenstations en de uiteindelijke rekenmachines. Die rolverdeling ligt niet vast, benadrukt Verkouter. Wanneer een opslag-node niet bezet is, kan het toegewezen worden aan de lopende berekening. De machines zijn onderling allemaal met elkaar verbonden zijn middels Infiniband. Dat biedt ook de mogelijkheid meer servers aan te sluiten.
Het prestatieniveau van de Infiniband-verbindingen moet echter nog opgekrikt worden. "Ik heb het onlangs voor het eerst werkend gezien, maar de prestaties vielen nogal tegen. De latency was wel erg laag, maar de bandbreedte moeten we nog verbeteren. Infiniband is immers nog nieuwe technologie, maar we hebben bewust gekozen voor dat risico." Boesenkool benadrukt dat dit geen teleurstelling is voor Jive: "Dit is voor ons in de wetenschap normaal." Verkouter vult aan: "We ontdekken nu ook nog de fijne kneepjes van de correlator."
Inmiddels is er vooruitgang geboekt in de benutting van de Infiniband-doorvoer. De leverancier heeft met het testprogramma Netpipe 200 MB per seconde gehaald. Dat is echter nog altijd slechts eenvijfde van de theoretische bandbreedte van Infiniband.

Kink in de kabel

Het Jive-cluster is nog niet volledig operationeel. De voornaamste horde die nog genomen moet worden is het putten van de data uit de correlator. "Dat gebeurt nu nog middels ingebedde hardware via de VME-bus (Versa Module Eurocard - red.), maar ik kijk nu naar de seriële aansluitingen op het frontpaneel van de correlator. Ja, bij het ontwerp van het apparaat is al gedacht aan sneller uitlezen."

  
De ene helft, met twee rekenservers en drie opslagmachines, van het Jive-rekencluster.
Verkouter schrijft nu zelf een Linux-driver voor de speciale insteekkaarten, à vierduizend dollar per stuk, die zijn verbonden met de chipborden (modules) waaruit de correlator bestaat. "De grootste kink in de kabel is nu die driver. In een test kan ik acht modules uitlezen, maar dat moet dus vier keer zoveel zijn. Als ik meer modules verbind, klapt het dicht en moet ik de driver opnieuw starten."
Hulp van buiten hoeft Verkouter niet direct te verwachten: "Wij zijn hier bij Jive de enigen die een correlator zo zwaar belasten. Er zijn er wereldwijd vijf in gebruik. Westerbork ging een tijdje met ons mee, maar mist de financiering. Dat is altijd een probleem in de wetenschappelijke wereld: niet de technologie, maar de financiering", verzucht hij.
Dat is mede de reden dat het nieuwe cluster bij Jive zo flexibel is opgezet: om relatief klein te kunnen beginnen en aan te tonen dat deze benadering werkt. "We hebben de opstelling bewust beperkt. Het liefst zouden we er ook een archief bij hebben, zodat je de data kunt bewaren om het later eventueel nog eens te kunnen verwerken. Bijvoorbeeld met nieuwe methodes of algoritmes. Je weet in de wetenschap namelijk niet altijd waar je naar zoekt. Dat hoort erbij, dus je moet jezelf niet vantevoren beperken, bijvoorbeeld in het aantal combinaties of in de nauwkeurigheid van de data."< BR> 
Telescooptijd
De voorstellen voor Jive-waarnemingen worden in Europees verband centraal ingediend en behandeld. Goedkeuring - en dus toewijzing van middelen - is afhankelijk van factoren als het te verwachten wetenschappelijke nut, de beschikbaarheid van telescopen en de waarneembare periode van het object. "Het aantal aanvragen overstijgt de beschikbare telescooptijd", zegt Harro Verkouter van Jive. Er zijn namelijk maar drie periodes per jaar die zijn ingedeeld voor Vlbi-waarnemingen. Dat heeft te maken met wereldwijde afspraken tussen de beheerders van de individuele telescopen", legt hij uit. "Zo'n periode duurt gemiddeld een maand en dat bepaalt dus het schema voor de waarnemingen."

Dit artikel is afkomstig van Computable.nl (https://www.computable.nl/artikel/1354213). © Jaarbeurs IT Media.
?

 
Lees meer over:
Vacatures

Stuur door

Stuur dit artikel door

Je naam ontbreekt
Je e-mailadres ontbreekt
De naam van de ontvanger ontbreekt
Het e-mailadres van de ontvanger ontbreekt

×
×